Po II wojnie światowej, wskutek zmian terytorialnych na kresach wschodnich, siostry i wychowanki musiały opuścić klasztor i zakład we Lwowie. Państwowy Urząd Repatriacyjny przyznał im jako rekompensatę willę „Stawaja” w Zakopanem (wówczas ul. Krzeptówki 50) opuszczoną przez jej właściciela – dr. Stanisława Bociańskiego. Dom zakonny został kanonicznie erygowany 13 czerwca 1946 roku. W tym dniu poświęcił go ks. prałat Załuczkowski, były proboszcz kościoła św. Elżbiety we Lwowie.
Zaraz po erekcji domu zakonnego okazało się, że pokój przeznaczony na kaplicę jest za mały. W 1948 roku, dzięki zabiegom ks. Tobolaka i ofiarnej pracy miejscowych górali, kaplicę powiększono i w następnych latach modyfikowano jej wewnętrzny wystrój. Korzystali z niej także wierni z Krzeptówek i wczasowicze, uczestnicząc w nabożeństwach, które odprawiał kapelan sióstr – jezuita.
Pracę wychowawczą siostry prowadziły do roku 1949. Początkowo utrzymywały siebie i dom zarabiając pracami trykotarskimi i haftem pantofli zakopiańskich. Gdy wychowanki usamodzielniły się i opuściły Zakład, wówczas dom w Zakopanem zmienił charakter na kuracyjno-wypoczynkowy, służąc całemu Zgromadzeniu. W 1969 r. zarząd Zgromadzenia zmienił nazwę domu na „Betania”. W połowie lat 70. XX wieku w zakopiańskim domu Zgromadzenia powstało przedszkole, które z powodu budowy nowego klasztoru na posesji zostało rozwiązane w 2002 roku.
W roku 2004 siostry przeprowadziły się do nowego budynku klasztornego, a stary, drewniany bardzo zniszczony dom rozebrano. Kaplicę poświęcił ks. Franciszek kard. Macharski 25 lipca 2005 roku.
Miłosierdzie masz okazywać zawsze i wszędzie bliźnim,
nie możesz się od tego ani wymówić, ani uniewinnić.
Podaję ci trzy sposoby czynienia miłosierdzia bliźnim:
pierwszy – czyn, drugi – słowo, trzeci – modlitwa;
w tych trzech stopniach zawiera się pełnia miłosierdzia
i jest niezbitym dowodem miłości ku Mnie (Dz. 742).
Realizując charyzmat Zgromadzenia, siostry w klasztorze zakopiańskim głoszą miłosierną miłość Boga do człowieka poprzez świadectwo życia konsekrowanego w duchu zaufania Bogu i miłosierdzia względem bliźnich, poprzez prowadzenie domu rekolekcyjnego i wypoczynkowego. W codziennej modlitwie wypraszają miłosierdzie dla osób odprawiających rekolekcje, wypoczywających, poleconych apostolskiej pieczy Zgromadzenia i całego świata, błagając szczególnie o łaski nawrócenia dla grzeszników i w intencjach Kościoła świętego.
